АУРЕ осъществява конкретни инициативи и проекти в коориданция и със съдействието на държавни структури като Администрация на Министерски съвет, Министерство на външните работи, Минестерство на околната среда и водите, Държавната агенция за информационни технологии и съобщения и други.
АУРЕ е активен партньор на Баварското министерство за регионално развитие и околна среда и член на Постоянната Комисия България-Бавария.
АУРЕ си сътрудничи с Европейската академия за градска околна среда и Област Берлин по споразумение, между двете столични общини.
Със съдействието на Министерството на околната среда и водите, АУРЕ запозна дългосрочно партньорство и с Министерството на Околната Среда, Селските райони и защита на потребителя на провинция Хесен. За целта през 2004 г. се създаде българското Сдружение “Алианс за Околна Среда” с основна цел – въвеждане на европейските и международни норми и стандарти по СУОС, качество, околна среда и благоприятни и здравословни условия на труд (ISO, OHSAS).
Налице са споразумения и насоки за общи действия и с министерствата на регионалното развитие и благоустройството, на земеделието и горите и на труда и социалната политика.
АУРЕ има рамкови споразумения с Университета за национално и световно стопанство, Института по геофизика към БАН и други научни институти.АУРЕ е отворена за съвместна дейност с други организации, споделящи същите цели.
В изпълнение на задачите по направление пространствени бази данни и обективен мониторинг на територия и наземни ресурси, АУРЕ има сключени са редица споразумения с водещи европейски организации, в областта на дистанционните изследвания и спътникова информация като – EURIMAGE, SPOT IMAGE, EUSI. В тази област водещата специализирана структура е – Център за приложение на спътникови изображения /РеСАК/.
АУРЕ участва в редица международни проекти по програми на Европейския Съюз, партньори от над 25 европейски държави.